在依赖于它的最后一个应用程序被卸载后，Flatpak 不会自动删除运行时。 这对某些用户来说可能是个问题，因为这些运行时会占用大量磁盘空间。
Flatpak 应用程序依赖于运行时、一组基本库和服务，如 Dbus、GLib、Gtk3、PulseAudio 等。 由于这些运行时，应用程序作者可以捆绑特定于应用程序的库，而不必担心低级依赖关系。
每个运行时都由多个应用程序使用，使应用程序的大小保持较小，但存在一个问题。 卸载所有依赖于特定运行时的应用程序后，运行时本身不会被删除。 这可能是一个问题，因为这些运行时可能非常大 – 例如：
org.kde.Platform/x86_64/5.11 flathub 02ede84d3591 - 1.4 GB system,runtime org.kde.Platform/x86_64/5.12 flathub d3e20330f263 - 1.3 GB system,runtime org.gnome.Platform/x86_64/3.26 flathub d01b14e467c2 - 1.3 GB system,runtime org.gnome.Platform/x86_64/3.28 flathub 6d1d0ebbd724 - 1.3 GB system,runtime虽然 Flatpak 不会自动删除未使用的运行时，但有一种方法可以删除它们，类似于 apt autoremove 或者 dnf / yum autoremove：
flatpak uninstall --unused
